Mirzoune et Ciboulette SGSC
Bienvenue sur Mirzoune et Ciboulette!
Derniers sujets
» La glycine: nous sommes en déficit de 10 gr/jour
par darky35 Aujourd'hui à 11:08

» Histoires drôles & Funny clips
par Hérode Aujourd'hui à 10:27

» Hello de Darky- j'ai le sibo - + fucosyl transferase 2 (FUT2)
par darky35 Aujourd'hui à 9:24

» Le jeûne, une nouvelle thérapie ? Lestrade
par Luc Aujourd'hui à 9:23

» Cancer : Combattre les effets secondaires
par Luc Aujourd'hui à 9:20

» Intestins gonflés : questions Sibo and Co
par yoz Hier à 13:22

» Rééquilibrage du métabolisme
par Luc Hier à 13:13

» Journal de suivi, Edda - Je crois que j'ai le sibo
par Luc Hier à 9:53

» Comparatif différentes formes de magnésium
par yoz Hier à 9:52

» Comment guérir votre métabolisme. Livre
par Luc Mer 21 Aoû 2019 - 9:10

» Un grand moment de tendresse...
par Hérode Lun 19 Aoû 2019 - 16:42

» Une nouvelle étude démontre l’inefficacité des oméga-3
par darky35 Sam 17 Aoû 2019 - 15:39

» Allergie, intolérance, sensibilité: Méthode de prise de pouls
par darky35 Sam 17 Aoû 2019 - 15:20

» Agents naturels pour lutter contre le biofilm bactérien
par darky35 Jeu 15 Aoû 2019 - 11:51

» Des fibres pour optimiser l'immunité
par Luc Jeu 15 Aoû 2019 - 9:28

» me voilà - Hérode
par Hérode Lun 12 Aoû 2019 - 16:55

» Le niveau de vitamine D plafonne
par Luc Dim 11 Aoû 2019 - 13:00

» Comprendre le fonctionnement du sodium
par darky35 Dim 11 Aoû 2019 - 12:06

» Jeûne thérapeutique: Journal de suivi
par Luc Sam 10 Aoû 2019 - 11:39

» Antagonisme et cofaction nutritionnelle par Zoëlho
par darky35 Ven 9 Aoû 2019 - 13:53

» Phagothérapie: Les phages et les lysines, contre les bactéries résistantes
par darky35 Ven 9 Aoû 2019 - 1:00

» Impact du microbiome
par darky35 Jeu 8 Aoû 2019 - 22:10

» Le vivant EST son environnement
par yoz Jeu 8 Aoû 2019 - 16:30

» Voie de détoxification & CYP450
par darky35 Jeu 8 Aoû 2019 - 15:43

» Butter is back !
par Proserpine Mer 7 Aoû 2019 - 19:18

» Plein le dos des lombalgies ?
par darky35 Mer 7 Aoû 2019 - 14:42

» Supplémentation en calcium inutile en prévention de l'ostéoporose
par darky35 Mer 7 Aoû 2019 - 12:48

» adieu Tamtam (=Hérode )
par Hérode Mar 6 Aoû 2019 - 16:41

» Caféine : Ami ou ennemi ? La suite.
par Luc Lun 5 Aoû 2019 - 16:42

» Nouvelle inscrite, Edda
par edda Ven 2 Aoû 2019 - 14:48

» Les enzymes: indispensables aux fonctions métaboliques
par Luc Mer 31 Juil 2019 - 15:50

» Médecine fonctionnelle - Dr Stéphane Résimont - intégrale de l'interview
par yoz Mer 31 Juil 2019 - 10:42

» Régnération: Stress et Hormèse
par Luc Mar 30 Juil 2019 - 9:55

» Apéro frais au gingembre
par Luc Lun 29 Juil 2019 - 17:22

» Vitamine D dépendante du magnésium
par Luc Lun 29 Juil 2019 - 9:29

» LA DEPRESSION NERVEUSE et son cortège de conséquences
par Luc Dim 28 Juil 2019 - 12:26

» c' est quoi le BARF
par maranta Jeu 25 Juil 2019 - 17:29

» Comprendre l'inflammation et l'impact sur les maladies auto-immunes
par Gaffal Mer 24 Juil 2019 - 17:24

» Oméga-3: l'ennemi du sommeil réparateur
par Flo Mar 23 Juil 2019 - 14:53

» Troubles digestifs et énergie liés aux organes
par Luc Lun 22 Juil 2019 - 9:17

» Arthrite et douleurs articulaires:crème maison au piment de Cayenne
par Luc Dim 21 Juil 2019 - 7:40

» Les animaux malades de leurs croquettes
par Proserpine Ven 19 Juil 2019 - 9:02

» Bon anniversaire lmichelle
par lmichelle Dim 14 Juil 2019 - 23:22

» magique ...
par Luc Sam 13 Juil 2019 - 23:13

» Joyeux anniversaire Chriscool
par Proserpine Dim 7 Juil 2019 - 10:30

» Syndrome scombroïde : intoxication à l'histamine
par Luc Ven 5 Juil 2019 - 12:54

» encore le latin
par Proserpine Mar 2 Juil 2019 - 18:46

» Bonjour, de Maranta
par Mirzoune Mar 2 Juil 2019 - 17:43

» Histoire drôle en images 5 - Funny clip
par Hérode Mar 2 Juil 2019 - 0:21

» Arthrose-Articulations douloureuses? Pensez au MSM
par harmonydg Dim 30 Juin 2019 - 22:52

» Blog nutrition du Dr Antonello D’ORO
par Mirzoune Dim 30 Juin 2019 - 12:40

» Chaque jour que je passe sur ce forum...
par Mirzoune Lun 24 Juin 2019 - 18:00

» Les fromages et laitages. Intolérances
par Flo Lun 24 Juin 2019 - 17:25

» Protéger le foie
par Luc Ven 21 Juin 2019 - 22:13

» Nouveau cadeau de la vie
par Proserpine Jeu 20 Juin 2019 - 15:51

» Noix et huile de noix. Cuisson
par maranta Mer 19 Juin 2019 - 17:19

» Les besoins réels en AG polyinsaturés surestimés ?
par Luc Mer 19 Juin 2019 - 15:38

» Vitamine E: Besoins réels
par Gaffal Ven 14 Juin 2019 - 10:44

» Antibiotiques et candida
par Chantal Mar 11 Juin 2019 - 14:07

» Promo Myprotein 06.19
par Nell74 Mar 11 Juin 2019 - 4:33

» Carnaval et danse du Pénis
par Nell74 Mar 11 Juin 2019 - 4:20

» The Longevity Solution
par Luc Sam 8 Juin 2019 - 8:59

» La politique de santé actuelle s'appuie-t-elle sur la science ?
par Gaffal Ven 7 Juin 2019 - 23:39

» Bon anniversaire Chantal
par Hérode Lun 27 Mai 2019 - 11:41

» Bon anniversaire Patiloup
par Luc Lun 27 Mai 2019 - 9:38

» Bonne fête à toutes les mamans
par Hérode Dim 26 Mai 2019 - 17:45

» Geo Sciences en parle
par Luc Mer 22 Mai 2019 - 18:03

» Moins d'infections respiratoires et digestives
par Proserpine Lun 20 Mai 2019 - 17:33

» Vitamine C thermosensible mais pas à la vapeur
par Luc Dim 19 Mai 2019 - 12:10

» Bon anniversaire Céline 57
par Celine57 Ven 17 Mai 2019 - 21:29

» Le CBD thérapeutique
par Luc Jeu 16 Mai 2019 - 11:58

» Histoire drôle en images 4 - Funny clip
par Luc Mar 14 Mai 2019 - 7:55

» Éviter l'Apocalypse - Bernard STIEGLER
par Chantal Ven 10 Mai 2019 - 12:16

» Fat for fuel – Dr. Joseph Mercola
par Luc Ven 10 Mai 2019 - 10:13

» Echange Partage
par Gaffal Ven 10 Mai 2019 - 7:33

» malware ?virus ? cheval de Troie ?
par Proserpine Mer 8 Mai 2019 - 18:48

» SEP et actions pour freiner la pathologie
par Luc Sam 4 Mai 2019 - 19:20

» Les meilleurs conseils pour désintoxiquer votre corps
par Gaffal Jeu 2 Mai 2019 - 19:30

» chansonniers
par Hérode Jeu 2 Mai 2019 - 17:40

» Thé vert et prévention AVC et Alzheimer
par Luc Mer 1 Mai 2019 - 9:25

» l'ozonothérapie comme traitement alternatif
par Luc Mar 30 Avr 2019 - 10:42

» PUB et clip promo délirants ou cocasses
par Luc Mar 30 Avr 2019 - 9:34

» Bon anniversaire Rouly
par Proserpine Lun 29 Avr 2019 - 8:37

» Un médecin qui travaille sur le causes des maladies chroniques
par Gaffal Sam 27 Avr 2019 - 10:30

» Posologie Psyllium
par yoz Ven 26 Avr 2019 - 9:39

» Comment optimiser l'assimilation du fer
par Proserpine Jeu 25 Avr 2019 - 16:49

» Protéines végétales dans les microgreens & les feuilles
par Luc Jeu 25 Avr 2019 - 13:36

» Les microgreens - Aliments qui vous boostent
par Luc Dim 21 Avr 2019 - 10:42

» Bon anniversaire Augustine
par Augustine Dim 21 Avr 2019 - 8:47

» Les 7 principes du stress. Ori Hofmekler
par yoz Jeu 18 Avr 2019 - 14:46

» danse avec les Belugas
par Nell74 Jeu 18 Avr 2019 - 3:59

» Tournesol et riz germés.
par Mirzoune Mar 16 Avr 2019 - 10:00

» Soyez en colère! Coup de gueule du Dr. Jack Wolfson, cardiologue
par Nell74 Sam 6 Avr 2019 - 13:23

» Danse sur glace
par Nell74 Ven 5 Avr 2019 - 13:01

» Joyeux anniversaire ma frangine!
par Hérode Jeu 4 Avr 2019 - 22:59

» l'aigle passe à l'attaque
par Flo Jeu 4 Avr 2019 - 20:29

» Comment naissent les sirènes
par Nell74 Jeu 4 Avr 2019 - 19:21

» SII et anxiété
par Luc Mar 2 Avr 2019 - 15:41

» Les 7 principes du stress. Discute
par Luc Mar 2 Avr 2019 - 14:34


Métagénome

Aller en bas

Métagénome Empty Métagénome

Message  Proserpine le Mar 26 Mar 2019 - 17:24

La révolution métagénomique
16.07.2015, par 
Jean-Philippe Braly

[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]
 BLACKDOVFX/THINKSTOCK/GETTY IMAGES

Combinant les avancées du séquençage à haut débit et du big data, la métagénomique a bouleversé notre vision du monde microscopique en dévoilant l'incroyable biodiversité des écosystèmes microbiens, qu'ils résident dans les fonds marins, sous terre ou dans nos intestins...
Océans, sols, intestins… Comment étudier la biodiversité de milieux dont un seul dé à coudre contient des milliards de micro-organismes réfractaires à toute culture en laboratoire ? Réponse : par l’analyse métagénomique. Le concept ? Faire directement parler l’ADN de ces organismes ! À la croisée de la génétique, de l’écologie et de l’informatique, cette discipline émergente est en train de révolutionner de nombreux pans de la recherche.

Une invention aussi importante que le microscope


En métagénomique, la première étape consiste d’abord à extraire l’ADN de l’échantillon prélevé par des traitements physiques, chimiques ou enzymatiques. Cet ADN « en vrac » est alors exploité de diverses manières, en premier lieu à des fins d’inventaire. En effet, certains gènes dits ubiquitaires sont présents chez tous les organismes vivants, par exemple ceux codant pour les ribosomes, mais leur séquence est propre à chaque espèce, constituant ainsi une sorte de code-barres biologique. En amplifiant puis en séquençant ces gènes ubiquitaires, les chercheurs peuvent désormais établir l’inventaire complet des espèces présentes dans l’environnement échantillonné. « C’est une vraie révolution, aussi importante que l’invention du microscope il y a 400 ans… Une sorte de microscope du IIIe millénaire ! », s’enthousiasme Colomban de Vargas, chercheur à la Station biologique de Roscoff1.
 

[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]
Séquenceur ADN.
 ILLUMINA

Partager


Nous avons créé
plus de deux
millions de clones
contenant chacun
une séquence
d’ADN inconnue
de bactéries du sol.
Mais la métagénomique consiste aussi à séquencer la totalité de l’ADN présent. Un séquençage massif et systématique permis grâce au développement récent des techniques du Big Data combiné à l’utilisation de séquenceurs à très haut débit capables de séquencer plusieurs dizaines de milliards de bases nucléiques par jour ! À titre de comparaison, les chromosomes humains n’en contiennent « que » trois milliards… La masse de donnée obtenue après séquençage passe ensuite à la moulinette de logiciels qui peuvent, après avoir identifié certaines séquences parmi d’immenses bases de données génétiques, émettre des hypothèses sur leurs rôles en fonction de similarités avec des séquences connues, déterminer les interactions entre les divers organismes identifiés, etc.
On peut même insérer certaines séquences génétiques inconnues dans le génome de bactéries afin de les faire « s’exprimer », et ainsi découvrir leurs fonctions en tant que gènes. « Dans notre laboratoire, nous avons ainsi créé plus de deux millions de clones contenant chacun une séquence d’ADN inconnue de bactéries du sol », explique Pascal Simonet, chercheur au laboratoire Ampère de l’École centrale de Lyon2.

Zoom sur la biodiversité aquatique


Combinés, tous ces outils ont fait faire des bonds de géant à la biologie. Exemple : la récente analyse métagénomique de 579 échantillons d’eau de mer récoltés aux quatre coins du globe par la mission Tara Oceans. Objectif : étudier la biodiversité du plancton, cette myriade de micro-organismes à la base de la chaîne alimentaire océanique et qui produit près de 50 % de l’oxygène atmosphérique. Ainsi, au total, l’équipe Tara a séquencé une quantité d’ADN planctonique équivalant à près de 2 000 génomes humains, identifiant près de 40 millions de gènes différents, dont 80 % jusqu’ici inconnus ! « Rien que pour les organismes dotés d’un noyau (eucaryotes), nous avons séquencé près d’un milliard de code-barres génétiques, indique Colomban de Vargas. Nous avons ainsi mis à jour une diversité d’organismes unicellulaires (protistes) bien plus grande que prévu. » Les chercheurs de Tara ont également collecté le matériel génétique de plus de 35 000 espèces de bactéries planctoniques différentes. Grâce à de nouveaux modèles informatiques, ils ont même établi la nature des interactions, souvent parasitiques, entre virus, bactéries et eucaryotes.
 

[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]
Protistes et larves planctoniques. Ce plancton a été récolté au cours de l'expédition Tara.
 C. SARDET/TARA OCEANS/CNRS PHOTOTHEQUE

Partager


Nous avons mis à
jour une diversité
d’organismes
unicellulaires
(protistes)
bien plus grande
que prévu.

Appliquée aux grands fonds marins, la métagénomique fait aussi des merveilles. Ainsi, en mai dernier, des chercheurs suédois ont fait une découverte cruciale publiée dans la célèbre revue Nature. Par analyse métagénomique des sédiments du château de Loki – une source hydrothermale située à plus de 2 300 mètres de fond entre le Groenland et la Norvège – équipe a identifié un tout nouveau groupe d’archées, des micro-organismes unicellulaires différents des bactéries et des eucaryotes. Leur particularité ? Ils possédaient de nombreux gènes de type eucaryotes.
Depuis longtemps, les spécialistes suspectaient les archées d’avoir été les ancêtres des eucaryotes, et donc de toutes les plantes et tous les animaux. Nommé Lokiarchaeota, ce nouveau groupe semble bien être le chaînon qui manquait pour expliquer l’apparition des eucaryotes il y a plusieurs milliards d’années ! Les écosystèmes océaniques ne sont d’ailleurs pas seuls à receler une étonnante diversité microbienne. « Depuis quelques années, l’étude métagénomique des lacs révèle aussi une extrême diversité génétique de virus avec de très nombreux gènes jamais vus auparavant », complète Francois Enault, bio-informaticien spécialiste des virus aquatiques au laboratoire clermontois Micro-organismes : génome et environnement3.
 

[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]
Le Château de Loki est le nom d'une fissure géothermique, entre le Groenland et la Norvège. C'est à cet endroit que le Lokiarchaeota a été découvert, et ferait le lien entre procaryotes et eucaryotes.
 UNIVERSITE DE BERGEN

Partager



Du monde sous nos pieds… et dans nos intestins


Un autre gisement de biodiversité microbienne se cache aussi sous nos pieds. Un seul gramme de terre peut en effet contenir jusqu’à un milliard de bactéries ! Et là encore, seule la métagénomique est capable d’étudier ce colossal réservoir biologique souterrain, qui regorge notamment de bactéries productrices d’antibiotiques naturels. « Alors que certaines bactéries pathogènes pour l’homme résistent aujourd’hui à tous les antibiotiques disponibles, ce gisement de nouveaux antibiotiques mis à jour par métagénomique est une excellente nouvelle », se félicite Pascal Simonet. Mais les antibiotiques sont loin de constituer la seule application potentielle de l’étude métagénomique des bactéries du sol. L’idée est aussi de trouver de nouvelles enzymes utiles pour l’industrie ou l’agriculture, mais aussi pour dépolluer ; c’est ainsi que l’on a découvert une bactérie dotée d’un gène capable de dégrader le lindane, un pesticide extrêmement persistant.
Le gisement
de nouveaux
antibiotiques
découvert par
métagénomique
est une excellente
nouvelle.

Enfin, l’analyse métagénomique a aussi été appliquée au corps humain, notamment à notre intestin. En effet, ce dernier recèle près de 100 000 milliards de micro-organismes, soit dix fois plus que nos propres cellules ! Une biodiversité jusque-là méconnue, car la plupart des espèces hébergées par notre système digestif ne sont pas cultivables in vitro. « Les analyses métagénomiques ont révélé une grande variabilité de familles bactériennes intestinales articulée autour de trois grands types de compositions dits entérotypes, indique Pascal Simonet. Quant à la part de flore intestinale propre à chaque individu, elle semble moins importante que prévu. »
En décryptant les fonctions de ce « second génome », les chercheurs ont aussi découvert qu’une flore intestinale saine est indispensable au bon fonctionnement de la digestion bien sûr, mais aussi pour le métabolisme, l’immunité… ou bien encore pour le système nerveux. Obésité, diabète, maladies cardiovasculaires, allergies, maladies inflammatoires : les déséquilibres de la flore intestinale sont aujourd’hui suspectés d’être à l’origine d’une kyrielle de pathologies.
Médecine, protection de l’environnement, paléontologie, agroalimentaire… Si la métagénomique reste avant tout utilisée pour mieux connaître la biodiversité microbienne, ses potentielles applications intéressent de plus en plus de secteurs. Cette discipline en plein boom n’a pas fini de nous surprendre…
Notes


  • 1.Unité CNRS/UPMC.

  • 2.Unité CNRS/École centrale de Lyon/Insa/UCBL.

  • 3.Unité CNRS/Univ. Blaise-Pascal/Univ. d’Auvergne.






Source : Jean-Philippe Braly "La Révolution métagénomique", sur CNRSlejournal.fr16 juillet 2015

_________________
Il ne faut pas demander que les événements soient comme tu le veux, 
mais il faut les vouloir comme ils arrivent .

Épictète


Ne jamais renoncer
Proserpine
Proserpine
Irrécupérable
Irrécupérable

Messages : 1338
Date d'inscription : 19/12/2015
Age : 64
Localisation : Seine et Marne

Revenir en haut Aller en bas

Métagénome Empty Re: Métagénome

Message  Luc le Mer 27 Mar 2019 - 8:37

C'est intéressant. Intéressant de savoir / connaître le génome des bactéries intestinales et de celles qui se trouvent dans le sol (association bénéfique avec les cultures).
Mais de là à jouer à l'apprenti, en espérant fabriquer un nouvel antibiotique (prétexte pour modifier la séquence d'ADN), je suis plus réservé: C'est la boîte de Pandore !

_________________
LucH

« La pratique, c’est quand tout fonctionne et que personne ne sait pourquoi. »
Albert Einstein

« Dans la vie, il y a 2 catégories d'individus : ceux qui regardent le monde tel qu'il est et se demandent pourquoi; ceux qui imaginent le monde tel qu'il pourrait être et se disent : pourquoi pas ? »
G.B. Shaw.
Luc
Luc
Irrécupérable en chef
Irrécupérable en chef

Messages : 7674
Date d'inscription : 19/10/2015
Age : 65
Localisation : LIEGE

Revenir en haut Aller en bas

Métagénome Empty Re: Métagénome

Message  Proserpine le Mer 27 Mar 2019 - 8:55

Luc a écrit:Mais de là à jouer à l'apprenti, en espérant fabriquer un nouvel antibiotique (prétexte pour modifier la séquence d'ADN), je suis plus réservé: C'est la boîte de Pandore !

Ok avec toi... en même temps, cet article date de 2015, il faudrait lire l'avancée de la science... mais, c'est en anglais et je n'ai pas le courage (trop lente)  Mad

_________________
Il ne faut pas demander que les événements soient comme tu le veux, 
mais il faut les vouloir comme ils arrivent .

Épictète


Ne jamais renoncer
Proserpine
Proserpine
Irrécupérable
Irrécupérable

Messages : 1338
Date d'inscription : 19/12/2015
Age : 64
Localisation : Seine et Marne

Revenir en haut Aller en bas

Métagénome Empty Re: Métagénome

Message  Contenu sponsorisé


Contenu sponsorisé


Revenir en haut Aller en bas

Revenir en haut


 
Permission de ce forum:
Vous ne pouvez pas répondre aux sujets dans ce forum