Impact de la bile sur le microbiote et le transit

La prolifération bactérienne est fréquemment rencontrée chez les personnes qui souffrent de colopathie (IBS).
L’intestin grêle abrite proportionnellement peu de bactéries par rapport au côlon. Mais on parle en milliards, là. 10 à 10 000 milliards de bactéries par millilitre dans le colon. Dans l’intestin grêle, c’est 10 000 à 10 millions de bactéries par millilitre. (1)
Lorsque les bactéries se multiplient dans l’intestin grêle, de manière anarchique, cela peut occasionner des symptômes (IBS). Ces inconvénients comprennent :
• Nausée
• Gaz / ballonnements
• Diarrhée
• Malnutrition
• Perte de poids
• Déséquilibre hormonal
• Troubles de l'humeur / anxiété
• Fatigue
L’intestin grêle est exposé à une plus grande quantité de bile que le côlon. La bile est sécrétée dans le duodénum où elle facilite la digestion et l'absorption des graisses. Au moment où la bile atteint le côlon, 95 % des acides biliaires sont cependant réabsorbés et renvoyés au foie pour y être recyclés.
Nous allons voir l’impact de la bile sur le microbiome et comment optimiser la bile afin de fluidifier le transit et rendre ainsi la stagnation de certaines bactéries opportunistes moins problématique.
Vous pouvez vous contenter de lire ce qui est surligné, dans un 1^er temps.
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*) La bile est antimicrobienne et assiste l’étanchéité intestinale
Le rôle 1^er de la bile est d’émulsifier les graisses pour en faciliter l’absorption. Vous avez le même effet quand vous vous frottez les mains avec du savon et de l’eau. Vous fractionnez les saletés en mini-résidus et vous les émulsifiez / enrobez dans des gouttelettes afin d’en faciliter l’évacuation.
Ce « savon » contrarie donc l’adhérence et l’implantation de certaines bactéries.
Au niveau de l’iléum – à la fin du petit intestin – il y a sécrétion de peptides antimicrobiens (2a) qui se lient aux acides biliaires, via les récepteurs FXR. (2-5) Cela permet de limiter la prolifération bactérienne. Ce processus n’est pas sélectif, cela inclue aussi les bactéries commensales. Il faut évidemment éviter la stase, afin d’éviter que certaines bactéries puissent s’adapter.
*) La bile assiste aussi l’étanchéité intestinale (prévention du « leaky gut », soit les intestins qui fuient) ([Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]) ([Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]), via les récepteurs TGR5, FXR et PXR.  
Le PXR a également été identifié comme un moyen par lequel les bactéries commensales communiquent avec l’hôte. Plus précisément, les bactéries commensales convertissent le tryptophane en un métabolite appelé acide indole-3 propionique ([Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien], [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]). Ce métabolite augmente la synthèse des protéines à jonction serrée. (6) En termes simples, ce métabolite permet der colmater un intestin qui fuit.
Vocabulaire : PXR
Les récepteurs nucléaires CAR et PXR sont des régulateurs de la fonction de détoxification entéro-hépatique. Le récepteur PXR joue un rôle clé dans la clairance des substances xénobiotiques (toxines). PXR a besoin d’acide rétinoïque (vitamine A) pour être activé et former un hétérodimère. Détails plus bas. (5) (On peut zapper l’explication).
*) La bile contient l’enzyme intestinale alcaline phosphatase (IAP) ([Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien])​ ([Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]).
La phosphatase alcaline est une enzyme sécrétée par le foie, l'intestin, les os et quelques autres organes. Des recherches récentes ont identifié la phosphatase alcaline intestinale (IAP) comme un acteur majeur dans la régulation de l'intestin ( [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien] ). Associé au PXR, il pourrait s’agir de l’un des facteurs les plus importants pour la santé intestinale.
Le lipopolysaccharide (LPS) est un composant de la paroi cellulaire des bactéries à Gram négatif. Le système immunitaire le reconnaît et cela pourrait occasionner une inflammation de l’intestin. Mais lorsque le LPS se lie au récepteur Toll-like 4 (TLR4), cela passe sous le radar. La phosphatase alcaline modifie le LPS, le rendant méconnaissable / peu détectable pour le système immunitaire. C’est donc un puissant adjuvant / un modulateur de l’inflammation.
L’IAP favorise également la santé intestinale en régulant le pH et la croissance des bactéries commensales.
*) La bile module / ralentit le transit ([Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien])​ ([Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien], [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien], [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien])​
Les personnes qui souffrent de SIBO ont une motilité altérée. Lorsque nous parlons de motilité, nous nous référons aux contractions musculaires des muscles lisses des parois intestinales, ce qui définit le péristaltisme.  Mais il y a également le MMC (Complexe Moteur Migrant) dans les périodes inter-digestives.
Le complexe moteur migrant est une activité électrique et contractile de la motilité digestive qui a lieu dans les périodes inter-digestives (entre deux repas), et interrompu par la prise d'aliments.
Exprimé plus simplement, c’est la capacité des intestins à se contracter et à faire avancer le bol alimentaire, entre 2 repas. 4 heures de « repos » est optimal, en général.
Chaque activité du CMM s'accompagne d'un accroissement des sécrétions gastriques, pancréatiques et duodénales. On pense que ces sécrétions servent à évacuer le contenu dans l'intestin grêle entre deux repas, et aussi à transporter les bactéries de l'intestin grêle vers le colon.
Dans l’intestin grêle, les acides biliaires se lient au récepteur TGR5 et réduisent la motilité. Cela donne aux enzymes digestives plus de temps pour nous permettre de digérer et absorber les aliments. Cela réduit également la quantité d'aliments non digérés dans les selles et réduit la diarrhée. (9)
En se liant aux récepteurs TGR5 les acides biliaires modulent le transit et régulent l’absorption des électrolytes et de l’humidité dans le gros colon. (10, 11, 12)
*) La bile influe sur le MMC ([Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien], [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien], [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien])​
La bile joue un rôle important à la fois dans la motilité du MMC et dans l'élimination des bactéries, qui sinon pourraient commencer à se développer. La bile peut même être impliquée dans le lancement du MMC (12) : La liaison à TGR5 induira le remplissage de la vésicule biliaire pour un autre cycle …
*) La bile stimule les gènes anti-inflammatoires ([Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien], [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien], [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien])​
Lorsque les acides biliaires se lient aux récepteurs FXR et TGR5, ils bloquent l'inflammation en inhibant le facteur nucléaire kappa bêta (NF-kB). Même si c’est intéressant, il est important de noter que les acides biliaires peuvent également avoir un effet pro-inflammatoire. Trop complexe à expliquer comment. A double-tranchant donc (15-16)
*) La bile favorise la flore commensale
Depuis la nuit des temps la bile fait partie de notre système digestif. Certains gènes sont donc adaptés / programmés pour favoriser l’émergence de bactéries capables de résister à un milieu biliaire ([Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien], [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]). Cette adaptation donne un avantage concurrentiel aux bactéries commensales sur les agents pathogènes qui rivalisent pour s’accaparer les nutriments.
Étant donné que la bile est antibactérienne grâce à ses effets semblables à ceux d’un détergent, la majorité des bactéries, qui ne sont pas résistantes à la bile, ne peuvent pas coloniser l’intestin grêle. En théorie. À moins, bien sûr, que l’hôte ne produise pas suffisamment de bile. Gardez à l’esprit aussi que certains agents pathogènes sont capables de s’adapter (quorum sensing) et de devenir résistants à la bile. Il ne faudrait donc pas que ça pullule trop, suite à une stase (mauvais transit).
On répète : Si les fibres / résidus stagnent, cela permet à certaines bactéries de prolonger leur séjour, là où elles ne devraient pas élire domicile. Ensuite, certaines bactéries pourront littéralement s’accrocher aux parois intestinales et orchestrer le pillage des substances nutritives, via le quorum sensing.
Vocabulaire : Quorum sensing
Le quorum sensing est la capacité de certaines bactéries à communiquer, entre différentes espèces, en vue d’adopter un comportement spécifique, bénéfique à certains individus ou à la communauté dominante. Il y a donc synchronisation, avec la capacité d’orienter / d’altérer un comportement de l’hôte ou de certaines bactéries ([Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]).
Dans l’iléon, à la fin du petit intestin, la résistance à la bile n’est pas nécessairement une bonne chose. L’iléon est une zone propice à une sur-colonisation des bactéries commensales en raison de sa proximité avec le côlon. Pour rappel, 100 mille milliards de bactéries par millilitre se promènent dans le colon.
Dans ce domaine, la résistance à la bile est surmontée grâce à la libération de peptides antimicrobiens par les entérocytes. Tout sera donc une question d’équilibre et / ou de durée du transit. On répète : Attention en cas de stase répétée.
*) Nous avons besoin de bile pour assimiler la vitamine A (rétinol)
Nous parlons de la vitamine A (rétinol), pas de la pro-vitamine A (souvent le bêta-carotène) car la conversion du bêta-carotène est faible et / ou aléatoire. Etant donné que la vitamine A est une vitamine liposoluble, issue de produit animal (beurre, lait, œuf), nous avons besoin de graisse, et donc de bile, pour l’assimiler.
Il existe une interaction entre les voies de signalisation suivies par l’acide rétinoïque (forme active de vitamine A) et la vitamine D. Ces 2 voies sont interdépendantes. Pour fonctionner, VDR, PXR et FXR se lient à RXR (récepteur rétinoïque) et forment ce que les généticiens appellent un hétérodimère, soit une nouvelle combinaison de 2 molécules. Cette supermolécule a la capacité d’activer certains gènes (régulation génétique). En effet, le récepteur de la vitamine D (VDR) joue un rôle primordial. Il régule l’expression de gènes impliqués dans diverses fonctions biologiques vitales (croissance des cellules, minéralisation des os, etc.). (19) 
*) Comment fluidifier la bile naturellement ?
Il est conseillé de faire travailler le système digestif pour maintenir une bonne fluidité du liquide visqueux. Par conséquent, suivre un régime peu gras pdt plusieurs jours demande une période de rééducation à la sortie du « jeûne ». 
Le romarin stimule et décongestionne le foie. Il est souvent pris en association avec le pissenlit et l'artichaut. Il favorise la production de la bile. (20) Le jus de citron stimule également la production de bile et régénère les fonctions purificatrices du foie.  1 à 2 gouttes de d’HE de romarin à verbenone, sur une base (1/2 sucre, 1 càc de yaourt / crème ou 1 càc d’huile de coco) avant le petit déj.  Ou dans une crème / huile à appliquer sur la région du foie. En cure de 2 à 3 semaines.
Nous avons besoin de choline et d’inositol pour fabriquer de la bile (250 mg). (20)
*) Taurine et glycine pour former de la choline (21)
Les acides biliaires sont produits dans le foie par l'oxydation du cholestérol. Ils sont conjugués avec de la taurine ou de la glycine, ou encore avec un sulfate ou un glucuronide, et sont ensuite stockés dans la vésicule biliaire.

Sources et Références:
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Sources et Références
0. Ce post est largement inspiré du site : hackyourgut.com
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1. Insern – [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]
2a. Peptides antimicrobiens
nutrixeal.com (le lien ne passe pas).
2b.[Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]
TGR5 controls bile acid composition and gallbladder function to protect the liver from bile acid overload.
3. [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]
The FXR Agonist Obeticholic Acid Prevents Gut Barrier Dysfunction and Bacterial Translocation in Cholestatic Rats.
4. [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]  (lien non fonctionnel)
Symbiotic Bacterial Metabolites Regulate Gastrointestinal Barrier Function via the Xenobiotic Sensor PXR and Toll-like Receptor 4
5. [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]
Récepteur PXR
Les récepteurs nucléaires CAR et PXR sont des régulateurs de la fonction de détoxification entéro-hépatique. Le récepteur PXR joue un rôle clé dans la clairance (induction du cytochrome P450).  Ces récepteurs coordonnent l'assimilation des xénobiotiques et constituent des maillons essentiels de voies de signalisation spécialisées. Exprimé différemment, ces récepteurs sont aux 1ères loges pour nous renseigner sur la demi-vie des médocs (clairance).
L’Anses précise, dans son bulletin de veille scientifique n° 29 • Santé / Environnement / Travail • septembre 2016:
Le récepteur PXR est un récepteur clé dans la défense de l’organisme contre des molécules étrangères. De ce fait, il régule l’expression des enzymes de la famille CYP2B et CYP3A (phase I), ainsi que des enzymes impliqués dans la conjugaison (phase II) et le transport des métabolites de ces hormones (phase III). Il est reconnu par un nombre croissant de molécules environnementales. Ce récepteur, une fois activé par un ligand, forme un hétérodimère avec le récepteur de l’acide rétinoïque (RXR) et se lie sur des éléments de réponse dans la région promotrice de gènes cibles.
NB : L’acide rétinoïque = forme active du rétinol = vitamine A.
L’activation du système de défense par des xénobiotiques (par exemple des pesticides organophosphates) implique le cytochrome P450 CYP3A4 impliqué dans le métabolisme de plus de la moitié des drogues utilisées en clinique.
6. L’influence du microbiote intestinal sur le métabolisme du tryptophane et sur notre santé
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Le tryptophane est transformé par certaines bactéries du microbiote en dérivés indoles qui sont capables d’activer AhR, un récepteur présent sur des cellules immunitaires et sur des cellules épithéliales de l’intestin. En activant ce récepteur, les cellules immunitaires produisent notamment l’interleukine 22 qui a une action anti-inflammatoire et un rôle de protection de la muqueuse.
7. sciencedirect  [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]
Influence of biliary stasis on alkaline phosphatase in the small intestine
8. [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]
8 bis). Comprendre les récepteurs Toll-like (TLR-4) – Comprendre les endotoxines LPS – Comment moduler la réaction immune.
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Comment atténuer la réponse réactive aux toxines LPS
Un foie en bonne santé est capable de réguler et de filtrer les résidus LPS, en les excrétant via la bile et les selles. Les endotoxines sont alors liées et transportées par le cholestérol HDL. Les Chylomicrons et le VLDL absorbent aussi, lient, et aident à éliminer les endotoxines.
Les antagonistes des endotoxines (agissant sur TLR4) sont des substances très bénéfiques, et plus nous en avons dans notre arsenal, plus nous avons de chances de traiter avec succès les affections liées à l'inflammation.
Vocabulaire: TLR
TLR = Toll-like receptors. Les récepteurs Toll-like (TLR) sont d'importants médiateurs des voies inflammatoires dans l'intestin et jouent un rôle majeur dans la médiation des réponses immunitaires.
Lors de ces réactions  immunes, des cytokines sont sécrétées, induites par les récepteurs TLR.
Vocabulaire : Cytokine
Molécule / protéine agissant comme une hormone messagère. Ici, la cytokine transmet un message du système immunitaire.
Substances bénéfiques, antagonistes des molécules TRL4
Certaines molécules sont des antagonistes de TLR4 et bloquent ainsi la signalisation induites par les LPS, par divers modes, notamment en interférant directement avec TLR4 (empêchant la sécrétion de molécules pro-inflammatoires) ou en interférant avec les protéines de liaison entre TLR4 et LPS, empêchant la communication. 
Par exemple l’EGCG du thé vert, le rétinol, D3, B2, etc.
9. La bile module / ralentit le transit
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10. En se liant aux récepteurs TGR5 les acides biliaires modulent le transit et régulent l’absorption des électrolytes et de l’humidité dans le gros colon. ([Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien], [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien], [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien])​
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11a. The Receptor TGR5 Mediates the Prokinetic Actions of Intestinal Bile Acids and Is Required for Normal Defecation in Mice.
sciencedirect S0016508512014564
=> Abnormal delivery of bile acids (BAs) to the colon as a result of disease or therapy causes constipation or diarrhea by unknown mechanisms.
12. Role of bile in regulation of gut motility
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DOI: [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]
Abstract
Bile empties into the duodenum not only after a meal but also in the interdigestive state. In man, interdigestive biliary emptying is related to fasting motor activity, the migrating motor complex (MMC), in the stomach and small bowel and generally occurs during phase 2 preceding a gastroduodenal phase 3 activity (activity front). It seems that the main regulatory peptide to initiate phase 3 is motilin. During a period with 13 phase 3 activities of MMC, 18 episodes of gall-bladder emptying and 19 motilin peaks were observed. Such a peak of plasma motilin usually took place 25 +/- 11 min after onset of biliary emptying. In conclusion, data indicate that motilin is released to the circulation by the biliary output and induces phase 3 of MMC. The induced phase 3 propels bile acids along the gut to promote their absorption in the distal intestine. The choleretic action of recycling of bile acids may cause subsequent episodes of biliary emptying with motilin release by the action of the enterohepatic circulation of bile acids. In such a manner the MMC may be withheld as a recycling motility pattern.
Traduction :
En conclusion, les données indiquent que la motiline est libérée dans la circulation lors de la libération / sortie de la bile et la motiline induit la phase 3 du MMC. La phase 3 induite propulse les acides biliaires le long de l’intestin pour favoriser leur absorption dans l’intestin distal.
L'action cholérétique du recyclage des acides biliaires peut provoquer des épisodes ultérieurs de vidange biliaire avec libération de motiline par l'action de la circulation entérohépatique des acides biliaires. De cette manière, le MMC peut être retenu en tant que modèle de motilité de recyclage.
Décodage simplifié :
La bile a une action cholérétique en 2 temps, lors de la sécrétion / libération de la bile et lors du recyclage de la bile, soit +/ 25’ plus tard, via la sécrétion de motiline. Nous sommes alors dans la phase où a lieu l’activité électrique et contractile de la motilité digestive, soit la période inter-digestive (MMC).
13. [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]
Interdigestive Gallbladder Emptying, Antroduodenal Motility, and Motilin Release Patterns Are Altered in Cholesterol Gallstone Patients
14. [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]
15. Bile Acid Metabolism and Signaling
doi: [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]
Enterohepatic circulation of bile acids from the liver to intestine and back to the liver plays a central role in nutrient absorption and distribution, and metabolic regulation and homeostasis. This physiological process is regulated by a complex membrane transport system in the liver and intestine regulated by nuclear receptors. Toxic bile acids may cause inflammation, apoptosis, and cell death. On the other hand, bile acid-activated nuclear and GPCR signaling protects against inflammation in liver, intestine, and macrophages. Disorders in bile acid metabolism cause cholestatic liver diseases, dyslipidemia, fatty liver diseases, cardiovascular diseases, and diabetes. Bile acids, bile acid derivatives, and bile acid sequestrants are therapeutic agents for treating chronic liver diseases, obesity, and diabetes in humans.
16. [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]
Anytime a ligand binds to PXR, including LCA, it blocks NF-kB. LCA also binds to the vitamin D receptor (VDR) and causes the same effect.
17. The interaction between bacteria and bile.
doi:10.1016/j.femsre.2004.09.003. Begley, M et al.
The interaction between bacteria and bile.
Abstract
Commensal and pathogenic microorganisms must resist the deleterious actions of bile in order to survive in the human gastrointestinal tract. Herein we review the current knowledge on the mechanisms by which Gram-positive and Gram-negative bacteria contend with bile stress. We describe the antimicrobial actions of bile, assess the variations in bile tolerance between bacterial genera and examine the interplay between bile stress and other stresses. The molecular mechanisms underlying bile tolerance are investigated and the relationship between bile and virulence is examined. Finally, the potential benefits of bile research are briefly discussed.
18. [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]
Bile resistance mechanisms in Lactobacillus and Bifidobacterium.
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Host enzymes conjugate the newly synthesized free bile acids in the liver with the amino acids glycine or taurine, generating conjugated bile salts. These compounds are stored in the gall bladder and they are released into the duodenum during digestion to perform their physiological function, which is the solubilization of fat coming from diet. These bile salts possess strong antimicrobial activity, since they are able to disorganize the structure of the cell membrane, as well as trigger DNA damage. This means that bacteria inhabiting our intestinal tract must have intrinsic resistance mechanisms to cope with bile salts. To do that, Lactobacillus and Bifidobacterium display a variety of proteins devoted to the efflux of bile salts or protons, to modify sugar metabolism or to prevent protein misfolding. In this manuscript, we review and discuss specific bile resistance mechanisms, as well as the processes responsible for the adaptation of bifidobacteria and lactobacilli to bile.
19. Récepteur de la vitamine D : première observation 3D en intégralité
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Le récepteur de la vitamine D (VDR pour vitamine D receptor) joue un rôle primordial. Il régule l’expression de gènes impliqués dans diverses fonctions biologiques vitales (croissance des cellules, minéralisation des os,…). (…)
Cette image apporte des informations inédites sur le fonctionnement du récepteur. Elle révèle que le VDR et son partenaire RXR (récepteur du rétinoïde X, un dérivé de la vitamine A) forment une architecture ouverte, avec le domaine de liaison de la vitamine D orienté presque perpendiculairement au domaine de liaison à l’ADN (voir figure ci-dessous). Cette structure suggère une coopération entre les deux domaines, qui agiraient ensemble pour induire une régulation très fine de l’expression des gènes cibles.
20. Choline quelle forme ?
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21. Taurine et glycine pour former de la choline.
Les acides biliaires sont produits dans le foie par l'oxydation du cholestérol. Ils sont conjugués avec de la taurine ou de la glycine, ou encore avec un sulfate ou un glucuronide, et sont ensuite stockés dans la vésicule biliaire.